Какие методы используются для генетического анализа микробиоты?

Описание

Подрбнее о сервисе Novabiom: https://clck.ru/3NApWV
Больше интересного в нашем Телеграм-канале: https://t.me/novabiom_microbiota

Какие методы используются для генетического анализа микобиоты?

Самый первый и известный из молекулярно-генетических методов анализа микробиома — ПЦР.

🔬 При ПЦР извлекается ДНК всех микроорганизмов. Затем количество копий ДНК интересующих бактерий многократно увеличивают и подсчитывают, сколько копий получилось.

Среди преимуществ ПЦР-метода — возможность анализировать любые бактерии с известной последовательностью ДНК и точность результатов.

❗️ Существенный недостаток: количество исследуемых бактерий ограничено.

Поэтому ПЦР-метод не способен оценить всё разнообразие микробиоты, а ведь в толстой кишке может жить несколько тысяч видов микроорганизмов, хотя в панелях ПЦР оценивается всего 15–20 видов.

🧬 Эту проблему решает другой важный метод — секвенирование.

На самом деле, это несколько типов исследований. Для анализа микробиома используется 16S рРНК секвенирование, или ампликонное секвенирование.

Принадлежность копий ДНК к конкретным бактериям определяется при помощи цифровых алгоритмов биоинформатики. Благодаря этому можно полноценно определить и описать разнообразие всей микробиоты и даже выявить алгоритмы появления возможных патологий.

➡️ Для этого в Novabiom мы используем собственные базы данных.

Что выбрать: ПЦР или секвенирование нового поколения?

Как спрогнозировать влияние бактерий на организм?

Позволяют ли эти методы определять мёртвые бактерии?

✅ Эти и другие вопросы разбирает руководитель отдела микробиологии сервиса Novabiom, кандидат биологических наук, микробиолог Софья Цветикова.